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經過跨日 20 小時的表決大戰，立法院 21 日清晨 5 點多完成 114 年度中央政府總預算案二讀，並於同日下午通過三讀。外界評估總預算恐遭刪減至少 2000 億，行政院晚間回應，根據主計總處分析，立法院對總預算案結果的說明，與日前通案統刪的決議內容並不相同，包括刪減金額等總預算案整體審議有諸多待釐清的地方。
由於需要在一日的院會將 3 千多個預算提案審查完畢，表決過程中，多次出現凍結單位寫錯、要刪減的數額超過原編列預算數、或是表決通過後卻撤案，甚至預算重複刪除的狀況，綠委不斷在議場中提出抗議，但最終各提案仍走完三讀程序。預算案審竣，國民黨立院黨團總召傅崐萁呼籲行政院修正施政方針及錯誤政策，國民黨一定把關守護全民血汗錢；民進黨立院黨團幹事長吳思瑤則回應，這是報復性審查，行政院後續救濟手段可提覆議、釋憲。
今年度預算審查從開始就遇阻礙
立委針對預算可提出三種調整手段，包括刪減特定預算的「減列案」、可暫時限制部分預算不得使用，等政府處理完提案要求後再行解凍的「凍結案」、以及不更動預算金額，僅提出附帶條件或期限督促行政機關改善的「主決議案」。總預算案在各委員會歷經超過 3 個月的審查，於今年 1 月上旬全數完成初審，結果共刪減 67 億 3763 萬。而在委員會沒有共識的提案，將保留進到黨團協商。
黨團協商卻出現大量案海？
1 月 10 日，朝野黨團溝通後達成共識：各黨團於 13 日前，將總預算案的提案送至財政委員會彙整；1 月 15 日起密集協商，並於 20 日加開院會，和 17 日、21 日的院會合併為一次會。在這段期間，根據立法院統計，除了委員會審查保留的 453 案外，還有國民黨團所提的 2334 案、民眾黨團所提的 487 案、以及民進黨團所提的 22 案，共計 3296 案。
立委林宜瑾就提到，黨團協商原是用來處理政黨間僵持不下議題、或是各委員會討論過程中因有爭議而保留提案的機制，但藍白卻以此機制大量提出「二輪提案」，她直言，「兩黨無差別在黨團協商階段進行政治報復，濫砍、濫凍預算，已經遠遠不是在解決爭議，而是在擴大爭議。」
林宜瑾也以自己所屬的教育及文化委員會為例，指出就算在藍白人數過半的情況下，眾人花了一整個會期努力溝通、論辯，最終教文委員會審查的預算提案 0 案保留，「也就是說，大家都有共識，委員會討論過的提案已無爭議，並不需要再交由黨團協商。」但二輪提案中，卻出現大量針對教文委員會所屬預算的提案。
而為期兩天的黨團協商，各黨仍無共識，也沒有實質處理預算提案，讓這些案子直接進到院會表決。
通案刪減通過 定案刪減數達 3%
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1 月 20 日，立法院有共識要在 21 日休會前將預算提案處理完畢，各黨團便統整提案，將 3000 多案減至數百案，其中民進黨團更將自家政黨在所有委員會保留提案、二輪提案全數撤回，只留國民黨團、民眾黨團的提案表決。以下為八大委員會預算審查的重點：
內政委員會主管預算表決情形
內政委員會處理行政院、內政部、陸委會、海委會、中選會、不當黨產處理委員會、客委會和原民會所屬機關的預算。審議結果包括：
審查過程中，部分提案臨時撤案或更正，有立委表示流程十分混亂，表決完才拿到提案內容。在審查國民黨團提的第 170 案，欲將行政院「個資保護委員會」籌備業務預算刪減至 1000 元時，明明表決結果已通過，副院長江啟臣卻突然宣布撤案。江啟臣也一度宣布會議休息，讓各黨團盡早將更正內容送給議事人員，等更正版的內容印送完畢。
為了回應民間掀起的大罷免聲浪，國民黨立委王鴻薇要求中選會須提出新版的罷免聯署書，原已撤案後又再提案，最終表決通過。中選會與選務有關的業務費將被凍結50%，待中選會提出新式適用格式始得動支。公督盟批評，這是在野黨為了反制公民罷免權所提的政治報復性提案。
此外，不當黨產處理委員會遭刪除 90% 預算，並全數刪除政策宣導費用，再加上 17 日決議通刪項目，使黨產會預算共計刪除 172 萬 7000 元，黨產會回應，調查不當黨產案件和審核附隨組織的日常收支核心等業務運作已直接癱瘓，黨產會無力辦理相關業務。
外交國防委員會主管預算表決情形
外交國防委員會處理國防部、外交部、國安局、退輔會、僑委會所屬機關的預算。審議結果包括：
潛艦國造的預算案審查過程爭議不斷，國民黨團原提案凍結 18 億，院會審議時改為凍結 1/2 預算，待海鯤號潛艦完成海測通過後，向立法院院會進行專案報告，經同意後才可動支。國民黨團提案指出，海鯤號前年9月舉行不碰水下水典禮，在泊港測試就有數十項缺失，至今尚未通過海試，遑論作戰測試，且海軍低調將海鯤號交艦結案的日期展延 4 年，預算執行進度與成效令人質疑。
對此國防部副部長柏鴻輝回應，潛艦預算被凍結 50%，這在國際不管是履約督導、技術合作或潛艦後續作為，都使國際對臺灣捍衛國家決心產生很大隱憂，也讓努力多年的潛艦人員感到氣餒。
經濟委員會主管預算表決情形
經濟委員會處理農業部、經濟部、國發會、公平會所屬機關，以及行政院「國家發展基金」、「離島建設基金」、「促進轉型正義基金」預算。審議結果包括：
討論經濟委員會的留待處理案時，院會先是表決通過國民黨團提案第 125 案，將經濟部今年度預算案挹注台電經費 1000 億 2 萬元全數減列。沒想到，民眾黨團也有提案相同內容，由於民眾黨團不撤案，本案也已表決通過，最後由江啟臣補充宣告，兩案內容相同，所以一併處理，內容以國民黨團為主。
台電補助遭刪 1000 億，為今年度總預算案遭刪減最多，台電對此回應深表遺憾，認為此舉除了弱化台電支持民生電價的財務狀況，更癱瘓台電更新汰換電力設備的財務能力，進而對國人用電造成衝擊。至於外界關切電價議題，台電表示，會將相關財務情況及成本結構資料，提報至電價費率審議會討論。
財政委員會主管預算表決情形
財政委員會處理財政部、行政院主計總處、行政院審計部、金管會所屬機關預算。審議結果包括：
教育及文化委員會主管預算表決情形
教育及文化委員會處理教育部、文化部、中研院、監察院、故宮博物院、國科會、核安會所屬機關預算。審議結果包括：
該委員會最受矚目的提案是公視預算遭刪減案，一度遭陳玉珍大砍 23 億，引爆外界憤慨，學術界與文化界迅速動員展開連署，呼籲全民共同捍衛公共媒體，最終國民黨團協商後改為減列 1%、凍結 25%。
此外，國民黨團、民眾黨團各自提案刪減 Taiwan Plus 預算，國民黨團要刪減 1 億、民眾黨團主張刪減 2 億，兩案接連表決過關後，引起民進黨立委群起抗議，江啟臣才要求兩黨協商，最後由國民黨團撤案。
交通委員會主管預算表決情形
交通委員會處理交通部、數發部、NCC、行政院公共工程委員會所屬機關預算。審議結果包括：
數發部原先被國民黨鎖定將預算砍為 1 元，國民黨最終撤案，改支持民眾黨版本，將數發部預算減列 2 億，理由是打詐成效不佳，造成人民傷害，增加警察業務量。國民黨的提案內容也批評數發部淪為「出差部」，資安署應具備線上會議技術，應作部會表率，減少出國支出，透過線上工具達成效果，因此刪除資通安全署的國外旅費 700 萬，僅剩 61 萬。
數發部接連遭在野黨大砍預算，數發部長黃彥男表示，預算刪減總數約 35.82 億、刪減比率約 4 成，主要是國外旅費大幅遭刪，影響外館的資安稽核、無法參與國際資安演練及與 AI 資安技術交流；數發部本部預算刪減高達 10 億，包括建構雲端核網提升通信網路及開發 AI 網路主動式防禦技術等計畫恐受影響。他強調，數發部就像網路的國防部，如果把經費砍掉，等於網路沒有任何防護。
NCC 原本也是國民黨團打算「刪減」預算至 1 元的部會，最後也改為支持民眾黨版本，減列業務費 3758 萬、凍結 10% 預算。國民黨團表示，NCC 爭議太多，民眾信任度極低，包括政黨為何能夠針對民眾進行監控，精準取得特定時段、特定範圍的大規模電信個資，再加上新聞頻道立場偏向特定政治勢力，甚至成為進行政治鬥爭、政府認知作戰的工具。
司法及法制委員會主管預算表決情形
司法及法制委員會處理考試院、立法院、行政院人事行政總處、總統府、司法院、法務部所屬機關預算。審議結果包括：
社會福利及衛生環境委員會主管預算表決情形
社會福利及衛生環境委員會處理環境部、衛福部、勞動部所屬機關預算。審議結果包括：
今年度總預算遭減列破 2000 億，卓榮泰 21 日早上再開記者會指出，扣掉法定支出、一般性補助後後，預算遭刪占比恐達 16%，顯示在野企圖透過刪減預算影響政府運作。更嚴重的是所刪預算明顯集中在部分機關和項目，例如各機關的國外旅費被刪減逾 5 億、出國教育訓練費被刪 2.7 億、國內旅費遭減列 6.3 億、一般事務費也被刪數十億，還要求不能流用，對部會個別業務影響甚鉅。
卓榮泰表示，今年總預算支出比去年支出增加 2806 億，主要新增項目為公共建設、國防經費、健康台灣、幼托照顧經費等政策計畫，扣除這些新增計畫，今年與去年的總預算支出相當；如果真的被刪除 2100 億，今年總預算就會比去年少，在野不能用刪除 3% 的說法蒙騙大眾。在野黨應詳細指明預算編列不合理之處，而非報復性刪除預算。
而 21 日下午總預算案三讀後，國民黨立法院黨團總召傅崐萁率領書記長林思銘、首席副書記長王鴻薇，和國民黨立委在議場前召開記者會。傅崐萁表示，國民黨團此次刪減 1075 億，占總歲出的3.54%，這就是「還錢於民」；賴政府聲稱在野黨癱瘓臺灣，「請問刪 1075 億元要如何癱瘓政府？」呼籲卓榮泰應好好修正錯誤政策，國民黨團一定會嚴格把關，守護全民血汗錢。
民進黨立法院黨團幹事長吳思瑤對此回應，此次預算審查有 5 大惡中之惡，包括史上刪減數最高與凍結率最高、史上延宕總預算付委審查最長拖延時間、委員會中心主義被嚴重踐踏、沒有討論直接表決與沒有協商直接表決，以及黑箱提案再次現形。
吳思瑤提到，依照大法官釋字第 613 號，預算權就是行政權，立法院不能用預算審查侵害其他憲政機關的權力核心領域行使，現在藍白當家的立法院透過刪減預算，實質癱瘓其他院際順暢運作，政院後續救濟手段可提覆議、釋憲。
民眾黨立院黨團總召黃國昌則在臉書發文指出，經審查後此次與 2024 年中央政府總預算的歲出規模大致相符，並沒有賴政府造謠在野黨要癱瘓國家的情形，「賴清德（總統）、卓榮泰（行政院長）可以騙人；但，數學不會騙人。」他強調，民眾黨黨團不會因為賴清德與卓榮泰無理的恐嚇、情勒人民而有所退讓。
面對在野黨聯手砍逾2千億的總預算，總統賴清德昨晚也在臉書回應，今年度中央政府總預算遭刪減的程度是往年的 6 倍；凍結部分，較近三年平均增加凍結約 20 倍。扣除法定義務支出、一般性補助，今年可運用預算僅約 1.3 兆，凍刪合計至少超過 35%，衝擊非常巨大；不要說政府，任何一個企業組織，如果被凍刪超過 35% 的預算或資金，都無法正常運作，也完全無法接受。
賴清德表示，接下來會請行政院盡速盤點窒礙難行之處，以及可能停擺的服務，向全體國人報告；他也要請在野黨再次審慎思考，讓國家能夠恢復穩定運作。