一直到 1998 年,國立編譯館出版以臺灣歷史為主軸的課本《認識臺灣:歷史篇》,教科書上才第一次出現牡丹社一詞。
2000 年代後,九年一貫全面實施,國中社會教科書主要由南一、康軒、翰林和仁林四家出版社分別修訂。從章節標題中可看出,這個時期的教科書已經開始將「臺灣」加入標題,如「臺灣追想曲」、「清代臺灣的積極建設」、「外力衝擊與台灣建省」。
此外,教科書上對於牡丹社事件經過的描繪也更加詳細,如「清卻稱生番為『化外之民』,未予以重視³」、「船員因語言不通,與原住民發生誤解而遭殺害⁴」。同樣地,銜接其後的「沈葆楨建設臺灣」篇幅也逐年漸多,漸漸獨立成一個小節,強調臺灣發展史。
2019 年後,108 課綱上路,這時牡丹社事件大多已自成一節、獨立入標,三大出版社中也有兩家將牡丹社事件作為該章節的課後延伸閱讀主題。