1949 年 3 月,就讀臺大與師院的大學生河景岳與李元勳騎單車雙載經過派出所,遭警員上前取締、毆打,最後兩人全被拘留。這起衝突之後,大批學生前往警局聲援,要求嚴懲肇事人員,兩間學校的學生代表更前往北市警察局總局請願,超過千人包圍警局,警方在群眾壓力下被迫道歉。國民黨政府由此認定,臺灣校園已受到中國共產黨的滲透。
4 月 6 日,警備總部包圍臺大與師範學院宿舍進行搜捕行動,指名逮捕周慎源、鄭鴻溪等 6 人,學生則利用桌椅試圖抵抗,最後數百名學生被抓,其中 19 人遭起訴。從此之後,警備總部可直接行文各級學校要求交出學生,甚至直接進入校園拘捕可疑份子。因此,學界普遍認為四六事件是臺灣 1950 年代 白色恐怖的開始。
四六事件發生後的一個月,時任省政府主席兼警備總司令陳誠頒布 戒嚴令,宣告臺灣全境實施戒嚴,一般平民如果被控犯下內亂、外患、妨害秩序等罪,可由軍事機關自行審判或交軍事法院審判。而促轉會轉型正義資料庫收錄的 13683 筆檔案中,有 471 名政治犯是以學生的身份被起訴,大多集中在戒嚴初期。
舉例來說,民國 40 年爆發的社會主義青年大同盟案,是中國共產黨員黎子松在新竹中學任教時成立的組織,他吸收周賢農、傅如芝等 6 名學生入會,試圖解放臺灣;最終黎子松判處死刑,其餘學生判刑 5 至 10 年。