偵訊人員：你知不知道美麗島雜誌社成立的宗旨目的何在？
林義雄（美麗島雜誌社發行管理人）：初期是希望以一個反對黨的姿態，透過雜誌社文章中傷政府，揭發政府黑暗面，煽惑民眾、仇恨政府、反對政府。各地區服務處成立之後，可以上下呼應，增加聲勢。另外藉著舉辦各種聚會，發表演講，引起政府及治安單位注意及阻止，我們即可利用機會，大肆渲染政府不民主、不自由、沒有人權、壓制人民，爭取群眾同情及支持。
1979 年 12 月 12 日，美麗島事件發生後的第 2 天，雜誌社核心人物施明德、呂秀蓮、林義雄、陳菊和張俊宏在姚嘉文家連夜開會，討論遊行善後的事情。結束後天色已晚，呂秀蓮聽從陳菊的建議，借住在施明德的家（位在美麗島雜誌社樓上）。
隔日清晨 5 點多，門鈴突響，緊接著傳來施明德的叫聲：「他們來抓人了！」呂秀蓮趕忙衝進浴室換下睡衣，一旁的陳菊顧不得自己只穿著睡衣，抱著重要文件就從後院跳下去。沒想到，軍警早就團團包圍住雜誌社。
這是警備總部對美麗島事件的回應。遊行結束後不久，警備總部召開會議，檢討當天的警力配置，總司令汪敬煦最後下達指示，包括：一、將不法份子拘捕法辦；二、拘捕後注意可能引起的副作用，以及預先防範處置；三、全面加強維安。逮捕和偵訊計畫統稱為「一二一〇專案」。
13 日天還未亮，林義雄、呂秀蓮和陳菊被情治人員押上囚車，施明德跳上屋頂，展開逃亡；同一時間，軍警突襲張俊宏、姚嘉文的住所，把他們送往看守所。14 日，立法院召開臨時院會，同意警總逮捕美麗島雜誌發行人、時任立委黃信介。隔年 1 月初，逃亡超過 20 天的施明德與林弘宣，在臺北落網。
不到 1 個月，國民黨政府出動警總、調查局、警政署、憲兵司令部四大系統，將「美麗島雜誌社重要幹部」全數緝拿到案。
大逮捕之後，情治單位各自展開調查。
漫長的偵訊過程，每個人都寫下了他們的「犯罪動機」。
偵訊人員：你返國後，對謀求臺灣獨立有何具體做法？
陳菊（美麗島雜誌社編輯委員）：我認為海外台獨份子張燦鍙「臺獨聯盟」的主張，以暴力路線解決臺灣問題，是比較可行的做法。在國內，現有政權不允許臺灣獨立的，要達到目標，只有推翻現有政府才行，剛好近幾年，國內反政府運動氣氛高漲，力量不小，我們應該結合所有反政府力量，走暴力路線才是。
偵訊人員：你有無指示「美麗島雜誌」的編輯分針？
黃信介（美麗島雜誌創辦人）：「美麗島雜誌」成立的目的就是我要聚集反政府人士的力量所籌組的一種政治性組織，假雜誌之名，散布臺獨意識，配合製造群眾活動，伺機顛覆政府、奪取政權，使臺灣獨立之執行機構。因此，我就指示編輯方針，表面上是主張民主自由，實際上是宣揚「臺獨」意識。
然而，從國發會檔案管理局收藏的政治犯筆錄中，卻發現了他們遭遇疲勞偵訊或是刑求的證據，例如被送往警總保安處的林義雄，他在 2 月 25 日撰寫的備忘錄中提及「偵訊就是反反覆覆問同樣的問題，一開始是好幾天不准睡覺，接下來是答覆的不滿意就打，打到讓你受不了，屈服了就改變態度。一方面以刑求做威脅，一方面以政府會寬大做引誘，要達到他們取得十全十美，令人一看就滿意的筆錄。」
偵訊人員軟硬兼施，林義雄寫下一些讓他印象深刻的恐嚇，例如「如果你不說，拿出證據來，每一樣都幾個人來痛打你一頓。打死了，就說你畏罪自殺」、「如果不合作，把你打成共產黨」、「人總是人，識時務者為俊傑，你這個身體受不了那些」；他也記錄了自己被刑求的過程：「打的部位是前胸、後背、腹部，腳踢的是小腿和腹部，有時候也用香菸燙我的臉，燒我的鬍子。他們一方面打，一方面以拖到地下室做威脅，說什麼過五關、打幸福針（我不知道這是什麼意思，只覺得很恐怖），痛打之後，他們看我已屈服，就不再打，開始對我好。」
連續幾 10 天的訊問，林義雄改了 5、6 次的筆錄，被迫承認美麗島活動就是一個叛亂行為，美麗島雜誌社是一個叛亂組織，他主張臺灣獨立，鼓勵人民反抗政府等等。林義雄語帶無奈寫道，「這些調查人員的主觀之強烈，是很少見的，在他們的心目中，黨外的言行除了顛覆政府外，不可能有其他目的。所謂民主自由都是黨外為了遂行自己的政治野心提出來的口號而已，他們自認為把黨外看得十分透徹，但我覺得這種態度，是今天黨外人士之所以會走極端，和國民黨站在絕對的立場之根本原因。」
呂秀蓮則被送到景美軍法看守所，她在 3 月 24 日撰寫的「司法行政部調查局違法偵訊實情」一文中寫道，「調查員常拿吳春發被槍斃的事情來威脅取供，某天他們還給我看他鮮血淋漓的照片，又勒令我高聲朗誦殯儀館通知吳妻認領屍體的公函，然後說『妳就是第二個吳春發，妳離靶場越來越近了，不久妳的家人也會收到殯儀館領屍的通知』等話，也會要我撰寫遺囑，交代後事，讓我覺得罪該萬死。」
除了言語恐嚇，呂秀蓮也記錄了身體遭受的苦痛，像是調查人員若逼供不成，會要求她罰站，往往一站就是 4、5 個小時以上；超過 12 個小時不予進食是家常便飯，當時她罹患甲狀腺癌，再加上全天候偵訊，常感覺頭暈眼花、痛苦不已。此外，呂秀蓮撰寫的供詞如果不合要求，調查人員會當面撕裂或焚燒，命她反覆重寫，所謂的自白書根本是「他白書」。
偵訊告一段落後，臺灣警備總司令部軍法處 2 月 20 日，以《懲治叛亂條例》第二條第一項的叛亂罪，起訴黃信介、施明德、張俊宏、姚嘉文、林義雄、陳菊、呂秀蓮、林弘宣 8 人，並由軍事法庭審理，其餘 37 人移送司法機關偵辦。
偵訊時，他們被如何對待：
林義雄
- 偵訊遭毆打、香煙燙臉、燒鬍子
- 收押期間，發生林宅血案，母親和兩女兒慘死
- 筆錄中承認，要透過雜誌社文章中傷政府，揭發政府黑暗面，煽惑民眾，顛覆政府
施明德
- 偵訊時被疲勞審訊、恐嚇
- 筆錄中承認，要以暴力迫使政府束手無策，爭取國會席次，從事議會鬥爭，達到臺獨的目的
陳菊
- 偵訊時被疲勞審訊，不准上廁所
- 筆錄中承認，以暴力路線解決臺灣問題，是比較可行的做法。現有政權不允許臺灣獨立的，要達到目標，只有推翻現有政府才行
呂秀蓮
- 偵訊時遭疲勞審訊、罰站、恐嚇
- 自白書中承認，如果選舉不能達成臺獨目的，贊成利用暴力、武裝的手段顛覆政府，達成臺獨目標
姚嘉文
- 偵訊時遭疲勞訊問、恐嚇，筆錄中坦承在美麗島雜誌社議定了對政府進行短程、長程奪取政權的計畫
- 原本意志消沉，直到妻子周清玉會面時罵他「你姚嘉文不抗爭，別人不敢抗爭，也不曉得怎麼抗爭！」才恍然大悟，認真準備審訊
林弘宣
- 偵訊時遭疲勞訊問，調查人員威脅他坦承和國外臺獨勢力勾結，試圖顛覆政府
黃信介
- 偵訊時遭疲勞訊問，調查人員威脅他坦承秘密勾結中共，試圖出賣臺灣
張俊宏
- 偵訊時遭疲勞訊問，常常在偵訊室待到精神恍惚，被迫承認在高雄遊行時有毆打憲警
3 月 18 日，「高雄事件」叛亂案展開為期 9 天的軍法審判，審判席上坐著審判長劉岳平和 4 位審判官，控方則有主任檢察官蔡籐雄和軍事檢察官林輝煌；另一方，則是 8 名被告與蘇貞昌、謝長廷、陳水扁、尤清等 15 名律師組成的辯護團。審判期間開放旁聽和採訪，包含國際人權組織和國外媒體幾乎全程參與，民眾透過報紙記錄的控辯內容，得以暸解美麗島雜誌社幹部舉辦遊行的原因，以及其主張的政治理念。
公開審判庭一開始，律師團就提出三大質疑，包括為什麼被告要受軍事審判、戒嚴令的合法性，以及自白書的任意性。黃信介首先接受提訊，他不同意偵訊筆錄的說法，稱自白書是「他們幫我作文的，我寫了再改，改了再寫」。檢察官則辯稱「一個人如果沒有犯罪，怎麼會受他人威脅利誘呢」。
接下來接受提訊的呂秀蓮更披露，偵訊時遭調查人員疲勞審訊和恐嚇，「在那邊有 3、40 天處於失眠狀態，覺得自己一定會死，跟他們合作還可以好好過，就照他們的話去做。」其他人紛紛跟進，例如林義雄就說：「我只想早點結束這個折磨，筆錄我沒看就簽名了，不知寫些什麼。」
張俊宏稱：「調查人員威脅趕快承認，如果不承認的話，政府會安其他的罪名。」
姚嘉文面對審判官詢問，其筆錄裡提及要成立另一個政府，直言「我是說更改國旗、國號並沒有必要，內部改革才是重點，筆錄都是斷章取義，沒辦法完整傳達我原本的意思，我認為筆錄沒有參考的價值，庭上應該以今天提訊的內容為主。」
八個被告裡，只有陳菊一度承認自白書是真實的。呂秀蓮在回憶錄裡曾提及，陳菊因為不認識她的律師，加上偵訊時嚇壞了，在法庭上很順從，直到審訊的最後幾天，才受到呂秀蓮的鼓勵，決定翻供。陳菊的弟弟陳武進出庭時曾說：「我姐姐審理時稱調查局自白實在，我知道她內心是痛苦的，為國家委曲求全，希望庭上以法律立場審理此案。」不過檢察官仍反駁，陳菊先前都承認了，這個翻供是假的，不足以採信。
除了推翻之前的說詞，被告在法庭上還侃侃而談政治理念，施明德出庭時常常掛著微笑，從容回應審判官的問題，表示「臺灣不存在獨立的問題，只有民主化的內部問題，這涉及到四個層面，包括黨禁、報禁、戒嚴令和萬年國會，其中我覺得最嚴重的是黨禁，所以我才會到各地成立服務處，希望成立一個沒有黨名的黨，推動全民參政，這是我的目的，絕不是叛亂。」
檢察官批評施明德，聲稱臺灣獨立已經 30 年，「是棄大陸 7 億同胞不顧嗎？居心叵測！」施明德則援引國際法指出，「獨立有兩種，一種是事實存在，一種是法律存在，現在臺灣國民黨主權不及大陸，然後美國和匪結交，等於承認中共的合法性，我方又硬要和美國建立實質關係，所以我只是陳述事實，不是主張臺灣獨立。」巧妙回應質問。
審判長：被告對你的調查筆錄、自白，有什麼意見？
林義雄：在保安處做的筆錄，幾乎完全不是我的思想與行為⋯⋯我急急答應，只想早點結束這個折磨，筆錄我沒看就簽名了，不知寫些什麼。我在調查庭時曾告訴各位法官，我的家庭美滿，對社會沒有什麼不滿，今天所講的和筆錄所寫的完全不同，請法官斟酌。
陳菊：被捕以來心中恐懼，我不懂法律，以為其他被告跟我一樣認命，但我發現自己的消極，影響其他人事大，影響自己事小。我在國外的確認識臺獨分子張燦鍙，但我主張和平的改革，對政權沒有興趣，所以和張燦鍙只相處 5、6 小時，怎麼可能會受其煽惑？我心中沒有恨，希望歷史悲劇不要再重演。
審判長：美麗島雜誌社成立於何時？成立的目的？
黃信介：記不清楚，他們說我們需要一個研究機構，作為發表言論的地方，他們向我建議，我就同意了，這是他們五人的意思，我不太會寫文章，就請姚嘉文、林義雄擔任發行管理人。
審判長：根據調查筆錄，你要搞臺獨運動？
黃信介：筆錄是疲勞訊問，我亂說的。
審判長：你對你的供詞，有何意見？
黃信介：我為了減輕罪刑，才這樣說的。
隨著審判進入尾聲，大部分被告才從家屬在庭上的發言，得知林義雄家發生血案，施明德在最後陳述時情緒難以平復，脫口而出：「林義雄家發生這件悲慘的事，讓我感到這個國家將會受到更多創傷及更大的災禍⋯⋯如果能帶給國家社會和諧，我請求判我死刑。」
林義雄則請求審判官「能擺脫一切政治上、輿論上、感情上的壓力，作最公正判決。」現場氣氛哀戚，從檢察官的話語，也看出他的態度軟化許多，他說：「對林義雄家變，心中很沉痛，我們是以哀矜勿喜的態度處理此案」，但仍不忘訓誡「被告要爭人權、爭自由、政治改革，應該循政治常軌，而不是打破人頭」。
3 月 28 日，軍法大審結束最後一場言詞辯論，8 名被告還押看守所，等待判決的結果。
